דרכי פעולה
המכון למחשבה ישראלית מקיים פעילות מחקרית הממוקדת בזיהוי בעיות מבניות של מדינת ישראל. עמיתי המחקר הבכירים, אינטלקטואלים ציבוריים עם מבט אלטרנטיבי על המציאות, המקיימים מחקרים בינתחומיים שתכליתם להעניק מבט מבני וקונסטרוקטיבי על בעיות יסוד של ישראל . בסמוך אליהם פועלים עמיתים זוטרים (פוסט-דוקטוקרטים), עוסקים בשאלות חברתיות, כלכליות ופוליטיות הנוגעות למוסד המדינה הישראלית. שילובם של חוקרים בכירים עם חוקרים צעירים מבטיח תסיסה רעיונית וחדשנות. המכון יקיים סמינר דו-שבועי, בו תתקיימנה הרצאות ציבוריות בהן יוצגו מחקרים עם מבט מבני המציע כיוון ותקווה ליצירת ישראל חדשה. כיוון שקהל היעד הוא הציבור הרחב תוצרי המחקר יהיו הרצאות ציבוריות פתוחות אשר יצולמו, ויופצו באמצעי המדיה השונים.
כמו כן, בכל שנה, בחודש יולי, תתקיים הועידה השנתית של המכון למחשבה ישראלית בה יתקיימו פאנלים העוסקים בבעיות מבניות. את הפאנלים ינחו חוקרי המכון ויוזמנו אליהם דמויות ציבוריות מכל קצוות הקשת הציבורית. ועידה זו תשודר ותקודם ברשתות ובתקשורת הממוסדת.